Вуз образован в 1951 г. как Новосибирский институт инженеров водного транспорта; в 1994 г. приказом Госкомвуза РФ переименован в Новосибирскую государственную академию водного транспорта. Являясь центром непрерывной подготовки специалистов для речного флота академия объединяет 6 речных училищ (техникумов) Сибири и Востока.
За период своей деятельности академия подготовила более 24 тысяч специалистов речного транспорта — подавляющее большинство для речных бассейнов Сибири и Дальнего Востока. Многие из выпускников НГАВТ за короткий срок выросли в крупных командиров производства, выдвинуты на руководящую работу, награждены орденами и медалями.
Форма обучения - заочная. Срок обучения 6 лет. Имеются бюджетные места.
С 28 февраля работают подготовительные курсы.
Для выпускников школ 2009-2011г. - зачисление по результатам ЕГЭ.
Для выпускников школ прошлых лет и выпускников учреждений среднего профессионального образования зачисление по результатам вступительных испытаний, установленных «НГАВТ».
Получение второго высшего образования осуществляется в сокращенные сроки.